普通蒸餾有鼓泡，出現沸騰現象，而分子蒸餾是液膜表面的自由蒸發，操作壓力很低.一般為0.1-1Pa數量級，受熱時間很短。一般僅為十秒至幾十秒，普通蒸餾的蒸發和冷凝是可逆過程，液相和氣相之間處于動態相平衡，而在分子蒸餾過程中，從加熱面逸出的分子直接飛射到冷凝面上，理論上沒有返回到加熱面的可能性，所以蒸餾沒有不易分離的物質。蒸餾技術能分離常規蒸餾不易分離的物質，蒸餾裝置必須保證體系壓力達到的高真空度，對材料密封要求較高，且蒸發面和冷凝面之間的距離要適中，設備加工難度大，造價高。產品的耗能小，由于蒸餾整個分離過熱損失少，由于分子蒸餾裝置獨特的結構形式，其內部的壓強極低且內部阻力遠比常規蒸餾小，因而可大大節省能耗。